1999 – 2004
1999 – 2002
Rektor – prof. Barbara Świątek-Żelazna, wybitna flecistka
2000
- Otwarcie i poświęcenie budynku przy ul. Św. Tomasza 43.
- IV Wielkanocny Festiwal Ludwiga van Beethovena „W kręgu wielkiej symfoniki. Od Beethovena do Mahlera”
- II Letnia Akademia Muzyczna
2001
- Nadanie tytułu doktora honoris causa prof. dr hab. Mieczysławowi Tomaszewskiemu.
- V Wielkanocny Festiwal Ludwiga van Beethovena „Beethoven i muzyka XX wieku – wieku apokalipsy i nadziei”.
- III Letnia Akademia Muzyczna.
2002 – 2004:
Rektor – prof. Marek Stachowski, wybitny kompozytor
2002:
- Inauguracja i poświęcenie nowych organów firmy Karl Schuke Berliner Orgelbuwerkstatt GmbH.
- II Międzynarodowy Konkurs Fletowy.
- Miedzynarodowe Sympozjum Beethovenowskie „Beethoven – Schubert – Chopin. W poszukiwaniu ekspresji własnej egzystencji” w ramach VI Wielkanocnego Festiwalu Ludwiga van Beethovena
- Festiwal VI Dni Bachowskie.
- IV Letnia Akademia Muzyczna.
2003:
- Festiwal VII Dni Bachowskie.
- Międzynarodowe Sympozjum „Beethoven i tradycja muzycznego baroku” w ramach VII Wielkanocnego Festiwalu Ludwiga van Beethovena.
- I Międzynarodowy Festiwal Muzyki Perkusyjnej „Źródła i inspiracje”.
- V Letnia Akademia Muzyczna.
- III Międzynarodowa Orkiestra Barokowa.
- IX Konkurs im. prof. Tadeusza Żmudzińskiego.
- Międzynarodowa Sesja Naukowa Współczesne Szkoły Narodowe, Finlandia – Szwajcaria – Ukraina.
- VII Międzynarodowa Akademia Bachowska – J.S. Bach Msza h-moll.
- Nadanie tytułu doctora honoris causa prof. Helmuthowi Rillingowi.
- Sesja naukowa „Myśl awangardowa i tradycyjna w utworach na wiolonczelę Krzysztofa Pendereckiego”.
- Sesja naukowa „Paul Sacher – człowiek i myśl”.
- Międzynarodowe Sympozjum „Muzyka Krzysztofa Pendereckiego w erze intertekstualnej”.
2004:
- Utworzenie nowego Wydziału TWÓRCZOŚCI, INTERPRETACJI I EDUKACJI MUZYCZNEJ (połączenie Wydziału Kompozycji, Dyrygentury i Teorii Muzyki z Wydziałem Dyrygentury Chóralnej, Edukacji Muzycznej i Muzyki Kościelnej).
- VI Letnia Akademia Muzyczna.
- Dni Muzyki Portugalskiej zorganizowane przez Katedrę Chóralistyki.
- Kursy mistrzowskie prowadzone przez prof. dr h.c. Krzysztofa Pendereckiego.
- Festiwal IX Dni Bachowskie.
- Konkurs im. T. Żmudzińskiego, organizowany przez Katedrę Fortepianu.
- Międzynarodowe Sympozjum „Beethoven: inspiracje, kontekst, rezonans” w ramach VIII Wielkanocnego Festiwalu im Ludwiga van Beethovena.
- II Międzynarodowy Festiwal Perkusyjny „Źródła i Inspiracje”.
- Wykonanie Siedmiu bram Jerozolimy Krzysztofa Pendereckiego przez chór, solistów i orkiestrę symfoniczną Akademii Muzycznej w Krakowie.
- W wyniku przeprowadzonej akredytacji na Wydziale Dyrygentury Chóralnej, Edukacji Muzycznej i Muzyki Kościelnej P.A.K.A postanowiła przyznać wyróżnienie, jako jedynemu wydziałowi wśród szkół artystycznych w Polsce.